Håndtering af mus kan foregå på flere måder. Det vigtigste er at undgå at løfte musen i halen, hvis det er muligt.
Mus skal håndteres og fastholdes effektivt men forsigtigt. Forsøg ikke at lade musen hvile på armen, som med rotter, da musen let vil undslippe.
Når de er fastholdt, vil mus ofte forsøge at bide, men heldigvis er konsekvenserne af et musebid mindre alvorlige end ved et rottebid. Hunmus er generelt roligere end hanner.
Selvom mus normalt ikke bliver så trygge ved håndtering som rotter, reagerer de positivt på skånsom behandling (Course in Laboratory Animal Science, EU Function ABC, University of Copenhagen).